Но наибольшую известность ему принесли комедийные роли в музыкальных фильмах.В середине 30-ых годов Бодо начал писать сценарии и режиссировать фильмы, в которых исполнял главные роли, и даже стал продюсером и совладельцем киностудии. Всё изменилось с началом Второй мировой войны. Спасаясь от гитлеровских войск, Еугениуш Бодо перебрался во Львов, где стал работать конферансье в популярном польском театре-кабаре. В феврале 1941 года состоялась премьера музыкальной комедии «Музыка на улице» с его участием.
Когда труппе предложили поехать с гастролями по Советскому Союзу, Бодо остался во Львове ждать получения швейцарского паспорта, который позволил бы ему эмигрировать в Америку. После этого его следы обрываются...
Полвека спустя, в 1997 году, известный киновед Станислав Яницкий снял документальный фильм «За несовершённые проступки», в котором рассказал о многочисленных версиях исчезновения актера, объясняя их силой легенды, которой была окружена личность Бодо. Примерно тогда же лондонский «Тыдзень Польски» опубликовал письмо некоего Александра Фейнера, в котором тот писал: «Бодо умер в советском лагере 24 декабря 1943 года. Лагерь назывался Пересыльный пункт № 1 и находился в Болтинке около Котласа, Архангельской области. Причиной смерти была пеллагра и голод. Я знаю об этих фактах, поскольку я тоже там был, а мой отец, Леон Фейнер, умер в тот же самый день на соседних нарах».
Расследованием дела Бодо занималась и его родственница Вера Рудзь. В ответе на запрос в Российский Красный Крест, находился документ, свидетельствующий о том, что Бодо умер 7 октября 1943 года в лагере в Котласе.
Тема исчезновения Бодо была закрыта благодаря историку Гжегожу Якубовскому, в распоряжении которого оказались ксерокопии протоколов допросов Бодо, стенограммы, записки следователей и акт о смерти. Подробнее см. в документальном фильме "Трагедия аманта" http://superwizjer.tvn.pl/42392,tragedia-amanta,archiwum-detal.html
В октябре 2011 года по инициативе Министерства культуры и национального наследия Республики Польша и Польского института в Санкт-Петербурге, а также при содействии администрации МО «Котлас» и КПОД «Котласская Полония» на мемориальном кладбище жертв политических репрессий «Макариха» был установлен кенотаф Еугениушу Бодо.